微店分期付款设置方法如下：

1、与银行直接联系办理分期付款协议业务，有专人和你联系相关事宜。一般是提供一些基础材料，比如营业执照等，然后银行做个评估，双方签协议，最后装机、培训。

2、客户购买商品，仍然是直接刷卡，一次性收款，分期是客户和银行之间的事情，由客户逐月还给银行。

3、银行合作主要有两个好处：第一，可以增加银行的持卡客户数，促进刷卡消费市场的发展；第二就是通过分期付款，银行可以获得手续费收入，这个手续费是双方共同商定的，一般银行都有相应的报价。