胃肠镜检查通常3-5分钟可结束，根据病人情况，有的病人需要活检则时间稍长。

胃镜检查是镜子从口腔进入，经过咽部、食管、进入十二指肠降部，可检查食管、胃、十二指肠球部、十二指肠降部。肠镜检查通常指结肠镜检查，结肠镜从肛门进入，检查范围主要包括直肠、大肠、乙状结肠、升结肠、降结肠、横结肠、回盲部。部分小肠，包括回肠、盲回肠、空肠则通过小肠镜进行检查。通常胃肠镜检查指胃镜和结肠镜的检查。