由于蛋白质表面离子化侧链的存在，蛋白质带净电荷。由于这些侧链都是可以滴定的（titratable），对于每个蛋白都存在一个pH使它的表面净电荷为零即等电点。

在等电点时，蛋白质分子以两性离子形式存在，其分子净电荷为零(即正负电荷相等)，此时蛋白质分子颗粒在溶液中因没有相同电荷的相互排斥，分子相互之间的作用力减弱，其颗粒极易碰撞、凝聚而产生沉淀，所以蛋白质在等电点时，其溶解度最小，最易形成沉淀物。等电点时的许多物理性质如黏度、膨胀性、渗透压等都变小，从而有利于悬浮液的过滤。在等电点外的所有其他pH值，依据蛋白质所带净电荷采用电泳和离子交换层析来分离和分离纯化该蛋白质。

等电点沉淀主要应用于蛋白质等两性电解质的分离提纯，还可应用于大豆异黄酮的分离：用等电点沉淀法脱去蛋白质，可提高异黄酮制品的纯度，异黄酮截留率为7.2%，蛋白质截留率为91.1%。