水体自净主要通过三方面作用来实现：

1、物理作用。物理作用包括可沉性固体逐渐下沉，悬浮物、胶体和溶解性污染物稀释混合，浓度逐渐降低。其中稀释作用是一项重要的物理净化过程。

2、化学作用。污染物质由于氧化、还原、酸碱反应、分解、化合、吸附和凝聚等作用而使污染物质的存在形态发生变化。

3、生物作用。由于各种生物如藻类、微生物等的活动特别是微生物对水中有机物的氧化分解作用使污染物降解。

三种自净作用往往是同时发生，相互影响，并相互交织进行。一般说来，物理和生物化学过程在水体自净中占主要地位。