商业用房有房产证是不能再办理土地证的。理由如下：

1、具有土地证是商业用房办理房产证的前提，商业用房有房产证则说明该房产已经拥有土地证。

2、土地证不可重复办理。

商业用房是指各类商店、门市部、饮食店、粮油店、菜场、理发店、照相馆、浴室、旅社、招待所等从事商业和为居民生活服务所用的房屋，以及办公用房，如写字楼等，还包括车库等。关于商业用房的另一种解释：商业用房是指房地产开发公司开发的供商业、粮食、供销、饮食业等部门对外营业用的商店、门市部、粮店、书店、供销店、饮食店等房屋。一般指底层临街的房屋。

土地证是由地方人民政府颁发的，证明持证人对一定面积的土地享有所有权或使用权的书面文件,是持证人享有土地所有权或使用权的法律凭证。五十年初期，我国完成土地改革后，人民政府曾在农村给分得土地的农民颁发过土地所有权证；在城市郊区给分到国有土地的农民颁发过土地使用证。