鱼缸过滤器分为很多种，比如有上置过滤器、外置滤桶、内置生化过滤、底部过滤、背部过滤、侧部过滤等等。

其中上置过滤器比较常见，该种过滤器的滤盒必须放在鱼缸上边，水泵则必须完全沉没在水中，由一根管子连接水泵与过滤盒。如果希望过滤器完全在水中，则必须选择一款内置过滤器，此种过滤器是水泵与滤盒滤材结为一体，优点是不占用鱼缸上部空间，有一定的生化过滤效果，缺点是清洗时不方便，需从鱼缸中拿出，占用了部分鱼缸内的空间。