在新疆的大部分地区不会有高原反应，在帕米尔高原可能会有高原反应。高原反应是指人体快速进入海拔3000米以上的高原，暴露在低压低氧环境下产生的各种不适，新疆大部分地区的海拔都没有3000米，是不会产生高原反应的。

新疆的最低点是吐鲁番的艾丁湖，湖面比海平面低大约155米，是吐鲁番盆地的最低处，也是中国的陆地最低点。

新疆的最高点是乔戈里峰，位于帕米尔高原，乔戈里峰是喀喇昆仑山脉的主峰，海拔8611米，是世界第二高峰。

高原反应，又叫高原病、高山病，是高原地区独有的常见病，其发病率与上山速度、海拔高度、居住时间以及体质等有关。