VB法中认为电子隶属于原子，存在于特定的原子轨道上，原子轨道与原子轨道形成价键，原子间只有价键电子存在共用或偏移。MO法认为电子隶属于整个分子，为原子所共有，存在于由原子轨道线性组合的分子轨道上。一般来说，VB法理论较为成熟，易于理解，更加形象，但有很多不足：而MO法虽然涉及的计算较为复杂，但能很好的解释一些例如分子磁性、电环化反应等问题。