1、一般是通过控制培养基（发酵料）中的碳源、碳氮比、维生素、微量元素等发酵基料和控制发酵过程中的供氧量、温度等；

2、如果是厌氧发酵，除发酵配方外，过程控制主要是密闭和温度；

3、如果是好氧发酵，除发酵配方外，过程控制主要是温度和通风量（用于控制发酵液含氧量）；

4、某些种类的发酵还需控制特殊物质的添加量，如谷氨酸发酵需要控制生物素亚适量，或添加适量青霉素，以保证细胞膜的通透性。