一共有五个，分别是病毒学、杂交水稻、软件工程、测绘遥感信息工程、水资源与水电工程科学国家重点实验室。

武汉大学是中国教育部直属的副部级全国重点大学，国家首批双一流、985工程、211工程、2011计划重点建设高校，同时是111计划、珠峰计划、千人计划、卓越计划等重点建设的中国顶尖名牌大学，是与法国高校联系最紧密、合作最广泛的中国高校，是世界权威期刊《Science》列出的中国最杰出的大学之一。