生物多样性具有直接价值，间接价值，选择价值，遗传价值及存在价值，还具有巨大的无形资产。

直接价值表现在当地消费使用价值和生产使用价值；间接价值的间接使用价值一般表现为涵养水源，净化水质，巩固堤岸，防止土壤侵蚀，降低洪峰，改善地方气候，吸收污染物，并作为二氧化碳汇集在调节全球气候变化中的作用等等；选择价值也是潜在价值，还没有人敢确定现在还未被利用的那些物种在将来也不会有利用的价值，栽培植物的野生亲缘种究竟能提供多少对农林业发展有用的遗传材料也很难确定；存在价值指伦理或道德价值，自然界多种多样的物种及其系统的存在，有利于地球生命支持系统功能的保持及其结构的稳定，存在价值常常受保护愿望来决定，反映出人们对自然的同情和责任。