公司代缴个人所得税计算公式为：应纳税所得额=（月收入-五险一金-起征点-依法确定的其他扣除-专项附加扣除）*适用税率-速算扣除数。

工资薪金所得税实行扣缴制，由企业在发放给职工前进行代扣代缴，先到地税局办理代扣代缴相关手续。然后在发放工资前，由企业财务人员按照税法规定，核算出每个人的应纳税所得额。