在第一集中，新一为了追查黑衣人，没想到被背后的同伙集中晕倒，被灌下APTX4869后变成柯南。

工藤新一因为目击黑衣组织的交易被发现而遭毒手，被灌下APTX4869（组织研发的药物）后导致身体缩小至7岁左右。新一担心自己的事会危及周围人的安全，而在阿笠博士的帮助下隐藏真实身份，化名江户川柯南，寄住在与自己青梅竹马的女友毛利兰家中，转学至帝丹小学一年B班，与吉田步美、圆谷光彦、小岛元太成为朋友，四人组成了少年侦探团。

柯南后来住在小兰家中，希望借助小兰的父亲毛利小五郎侦探的身份追查组织，可是小五郎却是个“迷侦探”。柯南只得借助自己没有减退的推理天份帮助小五郎破案，但因为身体变小导致办案时不便，危险性也增加，因此阿笠博士为他发明了手表型麻醉枪和领结型变声器等道具。