非洲最大的湖泊是维多利亚湖，非洲最深的湖泊是坦噶尼喀湖。

维多利亚湖是非洲最大的湖泊，世界第二大淡水湖，也是尼罗河的主要水库。位于东非高原上，位于非洲中东部，该湖大部分在坦桑尼亚和乌干达境内，是乌干达、坦桑尼亚与肯尼亚三国的界湖。是众多人公认的世界上最美的地方，是非洲最大的淡水湖。赤道横贯北部，由凹陷盆地形成。面积69484平方千米，为仅次于北美苏必利尔湖的世界第二大淡水湖。

坦噶尼喀湖位于东非和西非植物区的分界线上。沿岸种植水稻和油棕榈等作物，渔业有一定重要性，盛产河马和鳄鱼。沿湖重要港口有布琼布拉、卡莱米以及乌济济和基戈马。