员工在两个公司工作的，两个公司可以根据企业实际支付的金额进行申报，如果有在其中一家购买社保的，购买社保的公司可以正常扣减社保的个人部分后申报，没有扣减社保的，按实际工资申报，个人在第二年个人所得税汇算清缴的时候按综合所得对个税进行多退少补的政策。