1、红色的，制作时用的发酵菌是红曲霉。红曲霉除了产生蛋白酶，分解豆腐中的蛋白质，产生特殊风味外，还能产生鲜艳的红色素，这种红色素叫红曲色素。很多食品也用这种红色素，如糕点、糖果等。当然不是用臭豆腐来生产这种红色素，它的生产方法是：让红曲霉在蒸熟的大米上生长，然后干燥、粉碎，就行了，就可以当成红色素用了。它是天然色素，无毒无害。

2、黑乎乎的，制作时用的发酵菌是黑曲霉。与红曲霉一样，黑曲霉也能产生蛋白酶，但它产生的色素是深褐色至黑色的，做成的臭豆腐也就成了黑乎乎的了。这种色素同样无毒无害。