同一用户有两个社保编码的原因：

1、用户两次缴费时不在同一个单位，且在之后没有进行相关手续的转移行动；

2、如果多个社保编号的身份证号都是同一用户所持有，可以将该用户的养老关系转到同一个地方，即可统一两个编号。