根据所含色素、细胞构造、生殖方法和生殖器官构造的不同进行分类，分为：绿藻门、 裸藻门、轮藻门、 金藻门、黄藻门、硅藻门、甲藻门、蓝藻门、褐藻门和红藻门。

藻类是原生生物界一类真核生物。主要水生，无维管束，能进行光合作用。体型大小各异，小至长1微米的单细胞的鞭毛藻，大至长达60公尺的大型褐藻。