增值税电子普通发票不能直接进行作废处理。由于增值税电子普通发票具有可复制性，无法回收的特点，因此增值税电子普通发票一旦开具暂不能作废。

国家税务总局《关于红字增值税发票开具有关问题的公告》：增值税一般纳税人开具增值税专用发票，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票。