第一步：治疗方法包括系统疗法，局部疗法，物理疗法，生物制剂疗法，多喝水和多吃蔬菜水果。平时，保持愉快的心情，加强身体锻炼，忌烟酒、辛辣刺激性饮食，多吃蔬菜、水果，补充多种维生素。

第二步：治疗扁平疣的方法很多，可以进行冷冻、激光、电离子、手术等方法，这些方法中手术的方法可以一次治疗，其它的方法一次不一定能彻底治疗，采用非手术的方法治疗的时候最好配合外用一些抗病毒药物，如干扰素。

第三步：较大的扁平疣可以激光、冷冻处理的，辅以药物治疗，目前常用抗病毒药物，如酞丁胺涂剂，阿昔洛韦药片与软膏，左旋噗唑药片，维甲酸制剂内服与外涂，以及5-氟尿嘧啶软膏涂抹患处等。