他项权证遗失的处理办法是应及时进行补办，权利人在当地公开发行的报刊上刊登遗失声明后，可以申请补办。后果是没有他项权证，就不能注销贷款，该房产处置权受到限制，不能行使使用权。

【法律依据】

根据《城市房地产管理法》第五条，房地产权利人应当遵守法律和行政法规，依法纳税。房地产权利人的合法权益受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。