首先简要的说明一下两者的区别，十三薪即年底双薪，它的发放数额计算方法是：若单位有这方面的规定则按规定执行，没有的话司法实践中按职工当年平均工资作为计算基数，而年终奖的发放数额则由公司决定，具有不确定性。

其次，两者的个税计算方法也有很大的区别。十三薪应与当月的工资合并计算个人所得税，而年终奖则不与当月的工资合并可单独计算个人所得税。所以，从节税上来说，给员工发放年终奖更划算。举例来说，某公司一职工的月工资为5000元，若年底十三薪年底应缴纳的个税为：（5000+5000-3500）*20%-555=745若改为发放5000元的年终奖，月工资仍为5000元，应缴纳的个税为：当月工资应交个税（5000-3500）*3%=45 年终奖应交的个税为：按5000/12=416.67确定适用税率为3%5000*3%=150当月合计共缴纳个税为：45+150=195 总节约个税为：745-195=550元