商业用房房产证是不能分开办理的，但如果是两套房的话，符合条件可以分开办理商业用房的房产证。办理商业房产证需要建筑项目有土地证，建设许可证，施工许可证，规划许可证。建设的房屋符合建筑规范，无质量问题，且相关费用全额缴纳。住宅小区的房子，一般是登记住宅用途。如按商业申报，需要你的土地证登记是商业用地，规划设计是商业用房才可以。房产证是购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。另外，商业房产证和居住房产证没有本质的区别和特别的限制，只是在规划（土地）用途一栏有区别，别商业房写的是商业，住宅房写的是住宅。商业房产证在办理和转让过程中的税费相对较高，具体高多少要看当地政策。还有一个比较大的区别，就是商业房产的土地使用年限较普通住宅有较大的差距。原则上，普通住宅是70年，商用住宅使用年限是40年。