基本农田和基本农田保护区有密切联系：基本农田和基本农田保护区同样都是主要由耕地构成，都要实行严格保护，基本农田一般都位于基本农田保护区内，基本农田保护区的土地绝大部分都属于基本农田。同时，二者又有区别：基本农田是地块概念，必须落实到具体地块，一般由乡镇土地利用总体规划具体落实，划定到地块;基本农田保护区则是区域概念，基本农田保护区内以基本农田为主，但并非都是基本农田，除了基本农田外，还可能有少量零星的一般耕地、其他农用地、建设用地、未利用地等，基本农田保护区一般由县市级土地利用总体规划确定。

【法律依据】

《国土资源部办公厅关于印发市县乡级土地利用总体规划编制指导意见的通知》

县级土地利用总体规划，应结合土地用途区确定，划定基本农田保护区;乡级土地利用总体规划，应将县级规划划定的基本农田保护区进一步落实到地块。