蜂蜜保存宜放在低温避光处，也可密封后放入冰箱低温保存，不宜阳光直射。蜂蜜中的葡萄糖和果糖，可吸收空气中的水汽，会变稀薄，易发酵变质。因此蜂蜜要放在干燥处，并加盖保存。蜂蜜中含有多种酶和维生素，酶和维生素见光会分解，因此最好避光保存。

蜂蜜在常温、常压下，具有两种不同物理状态，即液态和结晶态（无论蜂蜜是贮存于巢洞中还是从巢房里分离出来）。液态蜜也就是蜂蜜从蜂巢中分离出来并始终保持着透明或半透明黏稠状的液体。多数品种蜂蜜放置一段时间后，尤其在气温较低时，逐渐形成结晶态，这样蜂蜜称为结晶蜜。结晶是由于蜂蜜中所含葡萄糖具有易结晶的特性，因此结晶蜂蜜并没有降低其营养价值和天然食品的本性，是纯粹的物理现象。结晶蜜由于晶体的大小不同，可分为大粒结晶、小粒结晶和腻状结晶。