沪通铁路长江大桥北端建在南通九圩港，南端建在张家港十三圩。

沪通铁路长江大桥的北端北端建在南通九圩港，其采用公铁合建，桥址位于长江下游澄通河段南通水道进口段，沪通铁路长江大桥设计长约11公里，其中跨江部分长5.3公里，铁路为四线，公路为六车道。

沪通铁路长江大桥南端建在张家港十三圩港闸下游约400m处，垂直主航道的方向跨越长江，于江中横港暗沙稍向东偏转，跨越北岸天生港水道，于南通捕鱼港下游约200m处登陆，沿东北方向前行。