酱油发酵是指将制成的酱曲移入发酵池或发酵罐，再加入盐水发酵的过程。

发酵是一个生物转化得过程,通过温度和时间让米曲霉分泌多种酶,其中是蛋白酶和淀粉酶还有蛋白酶分解蛋白质为氨基酸，淀粉酶把淀粉分解成葡萄糖。

北魏时期的贾思勰著《齐民要术》一书记载了利用黄衣制酱的方法和技艺，书中记有“酱清”和“豆酱清“，是指以大豆为原料制成的酱油。正式出现的”酱油“名称是在我国十二世纪的宋朝。