自制醪糟的苦味来自于菌类的代谢及分泌物。

自制醪糟含有很多营养成分，放久了会滋生大量细菌、霉菌和酵母、芽胞杆菌属、假单胞菌属、变形杆菌属分解蛋白质，各种菌在分裂繁殖的时候，释放出大量硫化氢、磷化氢、胺类物质，臭的东西就是硫化氢、尸胺和腐胺这些都是有毒物质，有致癌作用。前期会呈现苦味，后期会出现臭味、长毛等现象。如果出现苦味，就不建议食用了。