1、对人体健康有益的微生物也叫益生菌，包括酸奶中的乳酸链球菌、乳酸杆菌、双歧杆菌等，还有帮助消化的酵母菌；

2、在工业和医药领域中，一些微生物可以为人类生产很多产品，比如生产医药和酿酒，生产食品添加剂，如柠檬酸、味精、乳酸等；

3、在环境保护领域，微生物可以降解或转化污染物；

4、在农业领域，微生物肥料和微生物农药是发展绿色农业必不可少的农资，益生菌也可以添加到饲料里，用于畜禽养殖；

5、微生物在生物能源领域中也有很大的用处，如生产燃料乙醇、沼气、氢气等。