1、蛋白质分子活性中心关键部位氨基酸残基的更换，会明显改变其生物活性，但如分子中非关键部位氨基酸残基的更换或缺失、则不会明显改变其活性；

2、某些小分子物质与某些蛋白质的非催化部分特异地结合，引起该蛋白的空间构象发生轻微变化，从而使其生物活性升高或降低的作用；

3、蛋白质变性后，空间结构破坏，生物学活性丧失。