区别一、疾病种类不同。在阴茎的冠状沟处环绕龟头出现的淡红色小丘疹，常发生在青年和成年人，一般以20-40岁多见。10%的正常人会有，多见于包皮过长的和有手淫习惯的青年人。属于生理性异常，不属性病范畴。而尖锐湿疣是一种性病。

区别二、得病原因不同。阴茎珍珠疹得病可能与包皮过长，包皮垢较多，造成慢性炎性刺激有关。而尖锐湿疣得病的原因主要是通过性传播感染造成的。

区别三、鉴别诊断要点。阴茎珍珠状丘疹与尖锐湿疣鉴别诊断要点在于前者损害局限于龟头的边缘，损害数目较多，为珍珠状乳白色丘疹，表面光滑，损害随病程延长不增大，醋酸试验阴性；而后者损害不限局于龟头的边缘，多单个散在，损害较大，表面不光滑，多呈菜花状，随病程延长逐渐增大，醋酸试验阳性，组织病理检查见凹空细胞。