反交，与正交相对，即当基因型不同的两种个体杂交，如果将甲性状作父本，乙性状作母本定为正交，那么以乙作父本，甲作母本为反交；反之，若乙作父本，甲作母本为正交，则甲作父本，乙作母本为反交。

例如：高茎豌豆和矮茎豌豆杂交，正交和反交子一代均为高茎；若正交和反交的结果不同，子代性状在雌雄性中的比例并不都是1比1，表现出交叉遗传的特点则该性状属于细胞核遗传。

其设计思路是为了保证实验结果的可靠性，选择多对符合要求的亲本进行正反交。