开国皇帝明太祖朱元璋功成定都于南京，而后明成祖朱棣夺权成功定都于北京，故此有”南北“京师的说法。

1368年正月初四，朱元璋以应天府（南京）为京师，国号大明，年号洪武，朱元璋称帝。后进行北伐和西征，同年以“驱逐胡虏，恢复中华” 的口号命徐达、常遇春等将北伐，攻占大都（即北京），元顺帝北逃，彻底结束蒙古在中原的统治，中国再次回归由汉族建立的王朝统治之下。朱棣在姚广孝的建议下以“清君侧，靖内难”的名义起兵，最后率军南下，攻占南京，史称靖难之役。后明惠宗在宫城大火中下落不明，朱棣即位，改元永乐。1405年，朱棣将北平改名北京，称行在，设立北平国子监等衙门。1416年，朱棣公布迁都的想法，隔年开始大规模营造北京，1420年完工，隔年迁都。