菌种保存是为了减慢或停止菌种的生长繁殖，不被杂菌污染，在较长时期内保持著生活能力。以便为扩大生产提供大量，可靠的优质菌株。

菌种是用于发酵过程作为活细胞催化剂的微生物，包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。来源于自然界大量的微生物，从中经分离并筛选出有用菌种，再加以改良，贮存待用于生产。