线粒体和叶绿体中有核糖体。核糖体的旧称“核糖核蛋白体”或“蛋白体”，普遍被认为是细胞中的一种细胞器，除哺乳动物成熟的红细胞，植物筛管细胞外，细胞中都有核糖体存在。

核糖体的结构和其它细胞器有显著差异：没有膜包被、由两个亚基组成、因为功能需要可以附着至内质网或游离于细胞质。因此，核糖体也被认为细胞内大分子而不是一类细胞器。