一般不能直接指令施工单位停工。监理发停工指令应向业主申请。实际操作中一般是通过业主方的。

工程监理职责：

1、 主持编写项目监理规划、审批项目监理实施细则，并负责管理项目监理机构的日常工作；

2、审查分包单位的资质，并提出审查意见；

3、检查和监督监理人员的工作，根据工程项目的进展情况可进行监理人员调配，对不称职的监理人员应调换其工作；

4、主持监理工作会议，签发项目监理机构的文件和指令；

5、审定承包单位提交的开工报告、施工组织设计、技术方案、进度计划；

6、 审核签署承包单位的申请、支付证书和竣工结算。