全区境内大小河流共91条，流域面积在200平方公里以上的有厂条，分属两个流域三个水系。长江流域金沙江水系控制全区面积的80.4%，计16566平方公里，长江流域雅砻江水系控制全区面积6%，计3625、6平方公里，澜沧江流域澜沧江水系控制面积2%，计408、4平方公里。

名气较大的河流有玉湖、金沙江、东干河、 湿地公园、拉市海、 文笔海 、泸沽湖等等。其中玉湖是丽江最大的河流，发源于黑龙潭玉泉公园，在古城内分为西、中、东三条河流。中河是原始河道，其它为人工河道。