操纵子是与调节子及刺激子有关：操纵子包含了一组受操纵基因调节的基因，调节子包含了一组受单一调节蛋白质的基因，而刺激子则包含一组受单一细胞调节的基因。

操纵子包含一个或以上的结构基因，这个结构基因会被转录成为一个多基因性的mRNA。一个单一的mRNA分子会为多于一个蛋白质编码。在结构基因上游的是启动子序列，能给核糖核酸聚合酶（RNA聚合酶）提供结合位点及引发转录。在启动子附近的是一组DNA称为操纵基因。操纵子亦会包含调控基因，如阻遏基因能为调控蛋白质编码，使之与操纵基因结合及阻止转录。调控基因未必是操纵子的一部份，但是位于基因组的某一处。阻遏基因会到达操纵基因阻碍结构基因的转录。原核生物的一个转录区段可视为一个转录单位，也称作操纵子。