整枝对木瓜开花结果影响很大，宜在12月至翌年3月间进行，成年树每年整枝1次，剪去病枝、枯枝、衰老枝及过密的幼枝，使树形保持内空外圆，以利多开花、多结果。

如果是树龄已达10年以上、树势已开始衰弱的老株应进行更新，可在封冻前，将地上部全部砍去让老根长出幼苗，培育成新株。