来源不同：茯苓为多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核。而云苓为百合科植物光叶菝葜的干燥根茎。

性状不同：市面上常见的茯苓为去皮后切制阴干或晒干的茯苓，呈立方块状或方块状厚片，白色、淡红色或淡棕色，粉末为灰白色；云苓呈圆柱形，表面黄棕色或灰褐，凹凸不平，质坚硬。在菜市场常见刮了皮的新鲜云苓和刮皮切片的云苓片，在药材市场或药店、医院药房看到的是切片后干燥的云苓片，切面为类白色至淡红棕色，折断时有粉尘飞扬，以水湿润后有粘滑感，粉末淡棕色。

口感不同：茯苓味淡，嚼之粘牙；云苓味微，甘涩且偏于味苦。

功效不同：茯苓性味甘淡平，入心、肺、脾、肾经。具利水渗湿，健脾，宁心之效，主用于水肿尿少，痰饮眩悸，脾虚食少，便溏泄泻，心神不安，惊悸失眠；云苓性平味甘淡，入肝、胃经，有解毒，除湿，通利关节之效，主用于梅毒及汞中毒所致的肢体拘挛，筋骨疼痛；湿热淋浊，痈肿，瘰疬，疥癣。