灵山卫是明代开始的海防工程，始建于明朝洪武五年，当初是为了抵御倭寇袭扰而修建的沿海军事重镇。它起源于明代特有的军民合一的管理体制。卫所制度是明朝的一种主要军事制度，为明太祖所创立，其构想来自于隋唐时代的府兵制。

灵山卫是一座海防城市，它集军、政、民于一身，既是沿海国防的重要卫城，又是沿海军政要地，按照当时的话说是：“上马管军、下马管民”，其地位非常重要，品级也很高，卫指挥使为正三品职级，相当于军队的师职，地方的地级市。不仅各种军事职能齐备，而且民事管理职能也很完善，管辖的行政区域远大于今天的地级市，而且它还具备军屯、民屯制度，财政职能直属于兵部、户部管辖，建制上早于青岛开埠近三百年，直到清朝雍正十二年才降格成为灵山巡检分司，但职级上仍和当时的胶州平级。