回文结构指双链DNA中含有的结构相同、方向相反的序列。

双链DNA中含有的两个结构相同、方向相反的序列称为回文结构，每条单链以任一方向阅读时都与另一条链以相同方向阅读时的序列是一致的。

回文结构序列是一种旋转对称结构，在轴的两侧序列相同而反向。当然这两个反向重复序列不一定是连续的。

短的回文结构可能是一种特别的信号，如二型限制性内切酶的识别位点。较长的回文结构容易转化成发夹结构。