由于人体中细菌种类太多难以计算，因此无法估计。但是有益菌约占人体中细菌总数的百分之一。

有益菌一般是指在人体肠胃生长的、对人体健康起到正面作用的细菌或真菌。实验证明，在人的肠道里保持较多数量的有益菌群，将非常有利于维持身体健康。例如双歧杆菌和乳酸杆菌。