飞来寺大殿为单檐悬山顶，七檀抬梁式结构，通面阔三间，整座大梁，梁架规整，为较大园木构成，檐头朴实疏朗，檐柱立于一巨大须弥座柱础上，座束腰处镌刻有人物、花卉及其它纹饰的浮雕图案，檐下木雕柔丽，清幽别致，殿前格扇齐备，棂花纹样精巧，雕工纯熟洗炼，飞来寺大殿内，让人目不暇接，正殿依照山势凿成平面，借助山体形成一壁，至今仍然坚固壮观。