刚果河流域处于热带雨林气候区，终年多雨，年降水量大。而尼罗河流经流经热带草原气候区和热带沙漠气候区，降水量少，蒸发量大，流量相对较少；刚果河中游处于刚果盆地，地势低平，接纳支流较多。而尼罗河流经高原，接纳支流较少，流经沙漠，部分河水蒸发下渗；刚果河流经地区，人口较少，需水量少。而尼罗河流经流经国家多，工农业用水量大。