原因有以下几种：

1、系统文件夹，一般是不可以删除的，删除后会导致系统出错，轻则某些与之关联的程序无法启动，重则电脑崩溃无法启动，出现蓝屏或者黑屏的状态。

2、感染病毒后的文件夹，很难被删除掉，原因很简单，它被赋予了与系统相关联的属性，只能用杀毒软件来解决。