1、科研实力上，的确研究所会比学校更专业一些，比如说在博士层面上，中科院每年直博和转博的比例都很高，而哈工程读博和博士毕业的比例比较低。毕竟到博士层面上才是真正了解水声专业。

2、个人发展上， 不知道你的重点是就业还是研究。水声工程就业面比较窄，就业方向单一，读研就要考虑好以后就在水声方向工作，当然，水声与通信是不分家的，如果想转方向也是可以的，通信方向就业面比较宽。中科院毕竟是研究所，培养能力方面还是很厉害的，但是研一是集中上课，就是不能进入研究室研究；哈工程虽然在研一也有集中上课，但可以进入研究室工作。无论是中科院还是哈工程，导师人都很好，只要你想学习，就一定能学到很多知识。

3、实力较好的水声专业的高校和研究所：715,726，760中船重工的各类研究所，声学所东海站、南海站、北海站都属于声学所分站，最后，水声方向的工作很枯燥，所以，要有思想准备。