数码宝贝第二部内容简介：

1、在《数码宝贝》冒险的3年后，数码世界又随即开始出现新的危机，一位自称暴龙改造者的少年利用黑暗螺旋环和黑暗塔企图控制数码宝贝并占领数码宝贝世界；

2、新一代被选中的孩子本宫大辅、井上京和火田伊织，与新出现的敌人亚基利兽和伙伴木乃伊兽战斗，当战斗被带入现实世界，真正的策划者及川悠纪夫出现；

3、故事的最后，全世界的被选中的孩子全部帮忙，打败了最后的敌人贝利亚吸血魔兽，和平恢复后，数码世界和现实世界被联系起来，每个人都拥有了自己的数码宝贝。