菏泽医专有单招，学校开设有临床医学、口腔医学、护理、助产、药学、药品生产技术、预防医学、健康管理、医学营养、眼视光技术、药品经营与管理、老年服务与管理、老年保健与管理等17个专业。

菏泽医学专科学校的前身是1950年经国务院批准建立的平原省卫生学校；1958年，更名为菏泽地区医学专科学校，后又历经山东省菏泽地区卫生学校、山东省菏泽地区医学专科学校、山东省菏泽地区卫生学校等办学时期；1978年经国务院批准，更名为菏泽医学专科学校。