光学显微镜的种类很多，主要有明视野显微镜（普通光学显微镜）、暗视野显微镜、荧光显微镜、相差显微镜、激光扫描共聚焦显微镜、偏光显微镜、微分干涉差显微镜、倒置显微镜。

光学显微镜通常皆由光学部分、照明部分和机械部分组成。光学部分是最为关键的，它由目镜和物镜组成。早于1590年，荷兰和意大利的眼镜制造者已经造出类似显微镜的放大仪器。

暗视野显微镜暗视野显微镜由于不将透明光射入直接观察系统，无物体时，视野暗黑，不可能观察到任何物体，当有物体时，以物体衍射回的光与散射光等在暗的背景中明亮可见。在暗视野观察物体，照明光大部分被折回，由于物体（标本）所在的位置结构，厚度不同，光的散射性，折光等都有很大的变化。

相位差显微镜相位差显微镜的结构： 相位差显微镜，是应用相位差法的显微镜。